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南方醫(yī)科大學中醫(yī)藥學科依托于南方醫(yī)科大學中醫(yī)藥學院，前身為中國人民解放軍第一軍醫(yī)大學中醫(yī)系，成立于1975年7月，1986年成立全軍中西醫(yī)結合研究所（1997年3月更名為中醫(yī)藥研究所），曾是全軍唯一的集教、研、醫(yī)為一體的培養(yǎng)全軍中醫(yī)、中藥、中西醫(yī)結合高級人才基地。學校轉制后2005年6月改建為中醫(yī)藥學院。

學科布局上涵蓋中醫(yī)學、中藥學和中西醫(yī)結合三個一級學科。中西醫(yī)結合臨床醫(yī)學學科先后成為廣東省重點學科、國家重點學科；中西醫(yī)結合一級學科是廣東省攀峰重點學科。同時，中西醫(yī)結合學科被確定為學校四大重點建設的技術平臺和四大特色學科群之一，先后納入省 “211”三期重點建設學科、“創(chuàng)新強校工程”、“四重建設”和“高水平大學建設”學科。學院入選廣東省高水平中醫(yī)藥學院建設單位，擁有中西醫(yī)結合一級學科博士后流動站、國家中醫(yī)藥管理局重點學科6個、重點專科4個、三級科研實驗室4個，擁有省中醫(yī)藥局重點專病7個，省級實驗平臺4個，廣東省創(chuàng)新團隊3個。

學院現(xiàn)有教職員工136人，博士后15人。其中正高40人，副高44人，博士學位的教師占70.8%，博導35人、碩導87人。學院現(xiàn)有享受國務院政府特殊津貼專家3人、全國名中醫(yī)2人、全國優(yōu)秀教師1人、全國中醫(yī)藥高等學校教學名師1人、岐黃學者1人、青年岐黃學者2人、全國優(yōu)秀教育工作者1人、全國老中醫(yī)藥專家學術經(jīng)驗指導老師9人、全國名老中醫(yī)藥傳承工作室指導專家3人、全國優(yōu)秀中醫(yī)臨床人才6名；省教學名師2人、南粵優(yōu)秀教師2人、省名中醫(yī)9名、省“五一”勞動獎章獲得者1人、省“千百十”省級培養(yǎng)對象1人、青年珠江學者1人、省杰青獲得者2人、省優(yōu)秀青年教師培養(yǎng)對象1人、珠江新星2人等省級醫(yī)學人才項目獲得者20余人次。2022年，中西醫(yī)結合教師團隊獲評全國第二批黃大年式教師團隊。

南方醫(yī)科大學中醫(yī)藥學科設有中西醫(yī)結合、中醫(yī)學、中藥學3個一級學科碩士學位授權點（中醫(yī)學、中藥學可招收專業(yè)型碩士），中西醫(yī)結合、中藥學2個一級學科博士學位授權點；開設中醫(yī)學、中西醫(yī)臨床醫(yī)學、針灸推拿學、中藥學4個本科專業(yè)，以及4個特色班（中醫(yī)傳承班、中西醫(yī)創(chuàng)新班、中藥葛洪班、針灸靈樞班），構建了中醫(yī)藥學科從本科到博士人才完整培養(yǎng)體系。目前在校本科生近2000人，研究生400余人，是目前全國綜合性大學或醫(yī)科大學中，中醫(yī)藥人才培養(yǎng)規(guī)模最大的院校之一。中西醫(yī)臨床醫(yī)學、中醫(yī)學及中藥學三個專業(yè)入選國家級首批一流專業(yè)建設點，也同時入選廣東省一流本科專業(yè)。此外，學院還是教育部中醫(yī)、中藥學高等學校教指委委員單位，省教育廳中西醫(yī)臨床醫(yī)學教指委副主委單位。 

中醫(yī)藥學科近五年主持和參與省部級以上科研課題360項，其中國家基金196項（重點4項），總資助科研經(jīng)費超過1億元。近五年公開發(fā)表期刊論文973篇，其中SCI論文217篇。申報國家發(fā)明專利106項，獲得國家發(fā)明專利授權100余項，專利轉讓20項。獲得省部級以上科技獎勵18項。本學科高度重視產(chǎn)學研結合，在中藥新藥研發(fā)以及保健品開發(fā)方面有獨特的優(yōu)勢。